Gyülekezetünk történetét az 1620-as évektől követhetjük nyomon hiteles adatok alapján. Az első írásos emlékeink szerint 1628-ban épült Kálmánczai István lelkész szolgálati ideje alatt a mainál kisebb, festett kazettás templom, melynek akkori szószékfeljárója ma is látható templomunk falán.
Az ezt követő száz évről töredékesek az emlékeink, mivel a török hódoltság és a rácok fosztogatásai nyomán sok egykori emlék elpusztult, de a templom túlélte ezt a nehéz időszakot. Egy feljegyzés szerint 1729-ben Kecskeméti Dániel a templomot renováltatta és keleti irányban megnagyobbíttatta.
A lakosság létszámának folyamatos növekedésével az 1750-es években ismét napirendre került a templom újjáépítésének és bővítésének kérdése. Nagyobb ünnepeken a templom kicsinek bizonyult, az anyaga elöregedett, az összedőlés fenyegette.
Az első kérelmet 1756 februárjában nyújtotta be a gyülekezet Mária Teréziának a templom újjáépítésére és bővítésére, valamint a toronymagasság megemelésére és toronyóra elhelyezésére. A részben támogató döntés két hónap múlva, április 29-én született meg a helytartótanács pozsonyi ülésén.
Ez a gyors válasz akkoriban igen ritka volt, hiszen az ellenreformáció idején nehezen támogatták a protestáns templomok építését. A határozat hozzájárult a renováláshoz és a bővítéshez, de a torony megemelését és a toronyórát nem engedélyezte.
A templomépítés 1756. szeptember 15-től 1757. május 20-ig tartott Baranyi Péter szolgálati idejében. Ekkor találták meg azt a gerendát egy latin felirattal, ami az eredeti templom korára enged következtetni, és magyarul így hangzik: „Ez a mű Hintek István főbíró által épült az Úr 1628. évében.” Az építkezést a gyülekezet teljesen önerőből végezte, ami akkor is rendkívüli teljesítménynek számított. A templomot felújították, kibővítették, de az épület keleti végén álló toronyhoz végül nem nyúltak. Kitört a hétéves háború, szükség volt katonákra, így a munkavégzés leállt.
1769-re a torony olyan rossz állapotba került, hogy megérett a lebontásra. Végh Veresmarti Sámuel lelkész vezetésével a gyülekezet ismét kérelemmel fordult Mária Teréziához, hogy engedélyezze a nyugati oldalon egy új torony építését, ami magasabb a templom tetőszerkezeténél, valamint toronyóra is lehessen rajta. Az engedély 1770-ben érkezett meg, így elkezdődhettek a munkálatok.
1770. június 15-én megtörtént az ünnepélyes alapkőletétel, melybe egy iratot és forgalomban levő pénzdarabokat helyeztek el. Az új tornyot a templomtól néhány lábbal arrébb építették, mert a falhoz való építést a szakemberek először nem javasolták. Később átgondolták, hogy a két épület közötti üres részre befolyó esővíz és hólé az alapokban nagy károkat tehet, így azt mégis célszerű lenne összeépíteni.
A torony és a templom között lévő hézag beépítésére újabb kérelmet adtak be Mária Teréziához, így a pótmunka elvégzésével és a harangok – egy nagyobb és egy kisebb, melyeket 1767-ben és 1768-ban vásárolt a gyülekezet – régi toronyból való átvitelével 1772-ben fejeződött be az építkezés. Így nyerte el templomunk a mai formáját. Ekkor került a torony nyugati bejárata fölé az a latin nyelvű felirat, mely az építés áldozatos munkájára utal: „A Szentháromság tiszteletére Ő Császári és Apostoli Királyi Felségének, Mária Teréziának engedélyével, 1770-ben építette a szabadszállási Helvét Hitvallást követő nép.”
1772. szeptember 20-ától már járt a toronyóra is, amit Csontos Péter nagykőrösi órásmester készített el.
Templomunk mai formáját tehát többszöri átépítés után, 1772 szeptemberében nyerte el a torony és a hajó összekapcsolásával, illetve a toronyóra elkészítésével.
Az elmúlt 250 évben a templomot több alkalommal kellett javítani, renoválni. 1844-ben orkán pusztított a faluban, mely a torony tetejét is megrongálta. A faanyag egy részét cserélni kellett, a bádogborítás helyett pedig teljesen új rézlemez borítást kapott. A toronyjavítás kapcsán a torony gömbjében egy imádságot helyeztek el az utókor számára, ami az eltelt évek nehézségeire utalt. Ez az egyetlen irat a templomunkban elhelyezve, ami a renoválás tényén és neveken kívül eseményeket is tartalmaz.
Szintén ebben az időszakban, Nagy Sámuel lelkészi szolgálata idején készíttette a gyülekezet a két világháborút megélt, ma is meglévő nagy harangunkat, ami több mint 12 és fél mázsa. Ezt Schaudt András pesti harangöntő készítette 1852-ben.
1857-ben készült el templomunk barokkos jellegű orgonája, mely Marton József és Varga Erzsébet adományából valósulhatott meg. Az orgona Mooser Lajos salzburgi orgonakészítő mester keze munkáját dicséri.
1873-ban a tornyot és a templom alsó részét renoválták, 1877-ben a templombelsőt tették rendbe és a harangokat is javították. 1890-ben ismét esedékessé vált a templom zsindelytetőzetének a cseréje. Mivel ez a gyakori tetőjavítás súlyos anyagi terhet rótt a gyülekezetre, így 1899-ben a tetőt kátránypapírral vonták be.
1905-ben Angster József végzett orgonajavítást, amellyel sajnos megbontotta az eredeti orgona egységes rendszerét és stílusát.
1911-ben a templomi ülőhelyek alját lepadolták az alsó szigetelés végett. 1926-ban a templomtető zsindelyét galvanizált bádogra cserélték, ami tetemes kiadással járt, de hosszútávon megoldást jelentett a gyakori tetőjavításra. A villanyáram 1935-ben került bevezetésre a templomban. A toronyóra 1964 óta már villanyárammal üzemel. A villanyárammal történő harangozásra is ekkor tértek át eleink.
A két világháború is okozott anyagi veszteségeket. A két kisebb harangot először 1915-ben vitték el háborús célra. A pótlásukra gyűjtést szerveztek, majd a befolyt összegből 1922-ben megrendelték a harangokat. A II. világháborúban ismét lefoglaltak minden harangot Magyarországon. 1943-ban a két kisebb harangunkat elvitték. A nagyharang egy erélyes kérelemnek köszönhetően a mai napig megmaradt.
A háborút követő renoválások Pap Géza és Végh Sándor lelkészek nevéhez fűződnek, akik irányítása és szervezése alatt az ötvenes években előbb a rombolások nyomait próbálták orvosolni, majd átmázolták a tetőt, elvégezték a templomépület és a torony külső renoválását. Ezek a munkálatok 1957-ben fejeződtek be.
Selmeczy Árpádnak köszönhető, hogy a második világháború alatt elvesztett harangok egyikét pótolni tudták. A 428 kg-os harangot 1961-ben a presbitérium öntette Ducsák István őrszentmiklósi harangöntővel.
A másik harang pótlására 1994. augusztus 14-én került sor, melyet Dóry József készíttetett a gyülekezetnek. Ennek súlya 160 kg, Gombos Miklós készítette Őrbottyánban. Így újra három harangja van a szabadszállási templomunknak.
A templom legutóbb a 2000-es évek elején, Máté Sándor és Máté Sándorné Magyar Emese szolgálata idején újult meg mind külsőleg (2008-2009), mind pedig a belső tér tekintetében (2017). Ezzel együtt elkészült a padfűtés, ami a hideg, téli hónapokban ad enyhülést.
2022-ben, templomunk 250. évfordulóján a templomhajó festése valósulhatott meg.
2022. szeptember 18-án emlékeztünk meg templomunk 250 éves fennállásáról, hálát adtunk az elvégzett felújításért és felszenteltük a temetőkertben az új lélekharangot, mely elődeink emlékét és Krisztus feltámadását hirdeti az utánunk következő nemzedékeknek.
Mindezért egyedül Istené a dicsőség!
